科幻片X档案第二季是由大卫·杜楚尼，安娜贝什·吉什,罗伯特·帕特里克，威廉·戴维斯，米奇·派勒吉等人主演，X档案第二季剧情是:本季始於X档案被终结，穆德与史卡利分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史卡利帮忙。由於演员姬莲安德森怀孕，製作人将剧情发展成史卡利被外星人绑架，消失了一阵子。当然，那时候我们的姬莲安德森跑去医院生产啦。在不断的寻找下，史卡利奇蹟似的被送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。这季主要仍围着不可解释的自然现象及外星人打转，结束於穆德的父亲被暗杀身亡，穆德千里迢迢到新墨西哥寻找证据。

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Little Green Men 2X01 09/16/94 綠色小矮人
一个用于接受“千僖计划”（带着地球讯息企图接触外星人）的回音装置突然自然启动。穆德去追查，发现了在它记忆中带走他妹妹的绿色小矮人，但却被军方阻止进一步深入，原录有声音的带子却变得空白。但他们并没有放弃。
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The Host 2X02 09/23/94 下水道驚魂記
一种由于出生在核辐射的下水道废料中，而造成异常变异的具有单性繁殖的扁型虫生物特性的半人型生物。它通过咬噬来寻找下一个用于寄生的寄主。
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Blood 2X03 09/30/94 恐懼症
不断有在公共场合无缘由的枪杀陌生人的案件发生。犯人在看过红色后，都会发现眼前的电子仪器上的字符显示出让他们去杀死周围那些“将危害他”的人
一种原本应用于使害虫产生恐惧进而避免病虫害的荷尔蒙性质的杀虫剂的喷洒，致使人们的恐惧感被无限扩大到袭击周围人的地步了。
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Sleepless 2X04 10/07/94 不能睡覺的人
一个睡眠失调领域的专家和一个流浪汉被自己的梦，真正的杀死了。他们参加越战时，军方对他们进行了消除睡眠的手术，使他们更具有战斗力。但计划失去了控制，他们开始滥杀无辜（一场涉及300个小孩的屠杀）。其中之一的高尔，一个24年没有睡觉的人，能够控制别人的梦。他开始为曾经做过的事情而复仇，杀死所有参与的人，战士、医生及自己。
穆德开始与克莱切合作。
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Duane Barry 2X05 10/14/94 第四類接觸（上）
精神病院的前FBI探员声称被alien劫持过，因为不愿再次被劫持，绑架了精神病院的医生。被请来帮忙的Mulder自愿成为人质。
Ascension 2X06 10/21/94 第四類接觸（下）
Duane Barry逃跑并绑架了Scully，Alex Krycek原来是CSM的帮手。最后Scully在UFO出现的强光中失踪了。X档案重新开启。
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3 2X07 11/04/94 三位一體
一群人自认是三位一体的父亲、儿子、邪灵的吸血鬼，那个被认为是邪灵的女孩，和穆德有了一晚后，被追踪而至的另两个人逼迫去杀他，她拒绝了，最后为了彻底完结这一切，点了火。
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One Breath 2X08 11/11/94 起死回生
斯考利突然出现在医院里，而且深度昏迷。她体内存在一种类似于DNA的东西，可以视为高科技身份证。她的免疫系统已经被摧毁。基于她曾表示不愿意靠机器人为延长生命，停止了呼吸机。一个自称奥的护士一直不断对她说着话。晚上她神奇的醒了过来，而且急速康复。
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Firewalker 2X09 11/18/94 火山口驚魂
研究火山的几个科学家纷纷死于喉咙里长出硅基孢子植物。
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Red Museum 2X10 12/09/94 紅館
一个男孩失踪，突然裸体出现在马路上，而且背上写着：He is one。还有好几个孩子也有相同遭遇。这个镇上有一个叫做紅館的地方，类似宗教组织。这里的医生将一种异体DNA（生长激素）注入那的孩子的身体，现在一个男人开始射杀与此有关的人，这个人也是杀了深喉的人。
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Excelsius Dei 2X11 12/16/94 再生
一个养老院的护士说被鬼魂强奸了，调查时一个嫌疑人意外死亡，然后一个护工在送病人离院时被人推下楼。一直以来这里的病人没有被好好的对待，其中一个马来西亚的护工给了他们一种蘑菇类的草药，他们迅速恢复了体力，老年痴呆也得到了好转，但是那些得不到安息的灵魂，却开始作怪。
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Aubrey 2X12 01/06/95 剃刀殺人狂
女警挖出了一具已消失五十年的FBI警探的骸骨。肋骨上有剃刀留下的刻痕，显示写着“BROTHER”。而此地接连发生女受害人胸上刻着“SISTER”的字样的凶案。
那个女警怀孕后眼前就不断出现关于此案的图像。事实上她是五十年前幸存者与凶手的孙女。凶手的意念因她怀孕开始影响她。
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Irresistible 2X13 01/13/95 摧花狂疑雲
一个恋尸癖除了挖掘尸体得到头发和指甲外，开始动手杀人。
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Die Hand Die Verletzt 2X14 01/27/95 巫教學校
学校的学生一直在传说一种咒语的召唤术，在尝试时，却发生了可怕的事情，一个学生死了，并丢失了心脏眼珠。这学校的老师都信邪教，一个突然出现的女老师，用咒术使目击事件的女生自杀，然后又袭击了老师，最后消失了。
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Fresh Bones 2X15 02/03/95 巫毒復仇記
海地的一个军官被怀疑因巫毒意外死亡后奇迹复活，血液中发现了河豚毒素。
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Colony 2X16 02/10/95 殖民地球（上）
Mulder见到了自己的妹妹，但发现是克隆人。
End Game 2X17 02/17/95 殖民地球（下）
Scully被赏金杀手抓住，Mulder不得不用“妹妹”交换。然后他追赏金杀手