摄影师国栋与精神科医生高静在深海相遇，在人海相爱，又在一座幽寂千年的海底古堡相约。一枚璀璨的钻戒深藏海底古堡，国栋打算在海底举行一个浪漫的求婚仪式。国栋是一个潜水专家，而高静从来没潜过水。他们潜到水底，就在国栋手握钻戒准备求婚的一霎那，事故发生了……
高静失去知觉后获救，躺在医院里，国栋失踪了，高静认为男友已经去世。但国栋的妹妹却相信哥哥还活着，她请警察、潜水专家来帮忙，坚持要到水底去找哥哥。
国栋真的死了吗？谁又是凶手？痛不欲生的思念引导着高静寻找爱的下落。在一系列惊险离奇的冒险后，埋藏在深海古城的秘密浮出水面。
影片将在日本冲绳岛的水底开拍。黄百鸣说：“这次是一个很大胆挑战，我们请的是有潜水经验的摄影师，包括灯光师，导演、演员的其他剧组成员也都要到水底去工作。在拍摄前，没有经验的工作人员特别是演员要训练适应...
灵感来源
据徐克透露，一般而言他的创作来自两方面，第一是去拍摄一些他想看但是不存在的电影，例如有一段时间香港只有电视上才能看到武侠片，电影院几乎看不到，所以他就跑去拍武侠电影，又或者是他突然很想看有关心理悬疑的爱情片，但看不到自己喜欢的，所以就去拍了一部《深海寻人》。
拍摄景地
本片在四个地区进行拍摄，包括：香港、上海、日本的与那国岛和台湾的龟岛。除了与那国岛遗迹现场，摄制大队也会在台湾著名的保育胜地绿岛、台东、垦丁国家公园和龟岛周边，拍摄多个惊险又悦目的海底场面。其实选址台湾，亦与电影的情节发展息息相关。电影中，当人们一直没找到陈国栋的尸体，他的妹妹却深信尸体已经随水流漂到台湾龟岛，因此她便踏上一场海底寻兄的惊险之旅。因为根据推断，中国大陆和台湾在一万年前最后的冰河期时，本是高于水平线的相连陆地，后来由于水位上升，中间部分才会沉到海底。
